La vision stratégique et les valeurs de Merial conduisent l'entreprise à vouloir être leader aussi dans le domaine de l'hygiène, de la sécurité et de la protection de l'environnement (HSE). Le respect des règles de sécurité ainsi que le respect de l'environnement constituent au quotidien des axes prioritaires pour Merial. La fonction HSE est rattachée à Global Manufacturing.

En matière de protection des biens et des personnes, le département HSE définit annuellement une politique stricte visant le " zéro accident " ainsi que les règles et les procédures associées pour y arriver. Grâce à une organisation rigoureuse, tous les collaborateurs (en particulier les nouveaux arrivants) sont sensibilisés et formés par les services internes spécialisés, cela sur chacun des sites Merial dans le monde. En particulier sur les sites de production et de recherche, le département réalise des audits spécifiques afin d'identifier et réduire les risques de défaillance et pour sensibiliser l'encadrement et les équipes locales aux problématiques HSE.

Merial cherche également à minimiser l'impact de ses activités sur l'environnement (diminution de la consommation d'énergie et des ressources, réduction des déchets, des effluents et des émissions de gaz….).

Le département met en place des indicateurs de suivi pertinents, ainsi qu'une politique de gestion des anomalies survenues.