La Direction Qualité regroupe les activités d'Assurance Qualité (AQ) et de Contrôle de la Qualité (CQ). Fortement décentralisée, elle fédère au niveau mondial quatre entités régionales autonomes qui agissent en conformité avec la culture Qualité Merial et respectent les réglementations en vigueur.

Les Responsables Assurance Qualité interviennent dans tous les domaines d'activités (Production, Contrôle, Développement,…) et assurent les missions assignées à leur fonction : Plan Assurance de la qualité, procédures, formation, suivi des opérations de métrologie, audits internes et externes, aide à la résolution de problèmes qualité, suivi des évolutions des textes régissant les Bonnes Pratiques de Fabrication (BPF) ou Bonnes Pratiques de Laboratoires (BPL), préparation des inspections réglementaires, actions correctives, suivi...
Les éléments soumis à réglementation et inspectés concernent non seulement la conformité des locaux et équipements, la qualification et la formation du personnel, la pertinence du système Qualité, l'atmosphère contrôlée, mais aussi la décontamination, le flux des déchets et le traitement des effluents. Merial a toujours passé avec succès ces inspections et ses sites sont tous classés établissements pharmaceutiques et/ou biologiques.